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Ce type d'étude nécessite, une vue globale sur l'ensemble de la filière et implique de pouvoir comprendre et maîtriser de nombreux facteurs influençant la qualité aux différents niveaux d'organisation impliqués (du champs à la molécule). Il s'est donc avéré indispensable de créer un lien entre différentes disciplines. De nombreux aspects du métabolisme secondaire (rôle des métabolites secondaires dans la plante, régulation de leurs synthèses, lieux de stockage dans les cellules, tissus, organes.....) sont à l'heure actuelle très mal connus. Une meilleure maîtrise de ces métabolismes rend possible une production accrue en France de molécules naturelles d'intérêt pharmaceutique mais, peut aussi permettre d'accéder à une meilleure compréhension de mécanismes physiologiques dans la plante.
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